相应口岸采用“合作查验、一次放行”模式，两地政府在口岸边界线两侧各自的司法管辖区内并排设置自助及人工查验设施。旅客使用自助通道时，只需排一次队、检查一次证件、核验一次身份，即可通过两地出入境查验区域，一次性完成双方的出入境手续。旅客经新皇岗口岸通关的整体时间预计将从原落马洲／皇岗口岸的约 30 分钟大幅缩短至约 5 分钟。

　　交通方面，新皇岗口岸开通 7 条专营巴士线 条通宵线 条专线 小时运营的短途跨境巴士线路，覆盖港岛、九龙及新界各区。其中，专营巴士线 个巴士换乘站，方便旅客换乘铁路或巴士前往各区。运输部门提醒跨境旅客提前规划行程，留意各线路日间及通宵时段的服务时间，选择合适的线路往返新口岸，随附巴士线路表：

　　路线终点途经范围专营巴士日间路线葵翠邨公共运输交汇处大榄隧道转车站、青衣、葵芳专营巴士日间路线天富巴士总站新田公共运输交汇处、元朗市中心、天水围专营巴士日间路线乌溪沙站公共运输交汇处新田公共运输交汇处、大埔、科学园、马鞍山专营巴士日间路线小西湾新田公共运输交汇处、大榄隧道转车站、西区海底隧道转车站、上环、中环、北角、西湾河、柴湾专营巴士日间路线* 初期每日上午及下午繁忙时间提供服务启德大榄隧道转车站、启德体育园专营巴士日间路线* 星期六、日及公众假期提供日间服务

　　专线屯门码头屯门市中心、红桥专线S天水围朗屏站、元朗市中心专线B屯门码头屯门市中心、良景邨、屯门医院、屯门站

　　* 个别站点只于指定时段提供服务旺角鸦兰街长沙湾、荔枝角短途跨境巴士路线 小时运作）* 个别站点只于指定时段提供服务油尖柯士甸道过境巴士总站尖沙咀中港城、佐敦短途跨境巴士路线 小时运作）

　　此外，新皇岗口岸启用，也意味着往返新田与皇岗口岸的落马洲 — 皇岗跨境穿梭巴士结束近 30 年的运营历史。皇巴将于 10 月 12 日早上 6 时 15 分开出最后一班北上前往深圳皇岗口岸的班次。预计现场人流较多，必要时皇巴可能提前停止排队上车。未能搭乘该班车前往深圳的乘客，可在新田公共运输交汇处等候九巴 B11 线首班车，前往皇岗口岸。